组合式空调机组功能段的设置要根据生产工艺或洁净室要求确定，这是基本原则。净化机组功能段的合并及取舍要与空调房的设计紧密结合起来。要对净化机组中的微生物污染点进行控制。组合式空调机组由于结构、温湿度较适宜细菌等微生物的滋长，净化机组的箱体、过滤器、消声器、加湿器等成了潜在的微生物污染点，要对其进行控制。
　如组合式空调机组箱体应无破损、无锈蚀、耐消毒、保温及密封性能好，可使用如在冰箱上已广泛应用的抗菌材料。过滤器性能指标符合要求。消声器、加湿器等不滞留可凝物。机组内经常清洗或消毒。